一起醫療糾紛，可以提起合同違約訴訟也可以提起人身損害侵權訴訟，原告有權在責任竟合時依自己的利益選擇。醫療糾紛訴訟在程序上適用《中華人民共和國民事訴訟法》。實體上，合同違約訴訟適用《中華人民共和國合同法》，侵權訴訟適用《中華人民共和國民法通則》。侵權訴訟一般按照過錯責任原則進行歸責，根據 《民事訴訟證據若干規定》舉證責任倒置的規定，在司法實踐中采用推定過錯責任原則認定醫方侵權責任。由于上述立法在醫療糾紛處理方面的明確性，具體性不夠，司法的規范性，統一性不夠，立法和司法現實并不能很好地發揮預防危害和填補損失的功能，不能滿足社會效率與公平的需要。

   《醫療事故處理條例》在醫療糾紛處理立法領域有所作為，與《醫療事故處理辦法》相比，明顯在向法律與司法靠攏，并在很多方面彌補了醫療糾紛處理立法方面的空白，使醫療糾紛處理的規范趨于明確具體，并與基本法律趨于一致，改善了醫療糾紛處理立法不足的狀況，也改善了醫療糾紛的行政處理與民事訴訟立法上的沖突。但《醫療事故處理條例》畢竟是行政法規，效力等級低于《民訴法》、《民法通則》，不能作為特別法優先適用，與上位法律的沖突仍然存在。

    在醫療糾紛訴訟中是適用不太明確的《民法通則》、《民事訴訟法》還是適用效力較低的《醫療事故處理條例》，在司法實踐中仍將無法統一。對于這個問題，最高人民法院《關于參照〈醫療事故處理條例〉審理醫療糾紛案件的通知》做了一些規定，但無法解決解決原本屬于高位立法解決的問題。《通知》中規定的“參照”適用及“醫療事故以外的原因”排除適用，使《醫療事故處理條例》仍限于“醫療事故引起的”案件的“參照”適用。這里還面臨一個怎樣認定是不是“醫療事故引起的醫療賠償糾紛”的問題，是依客觀認定還是依主觀認定，是依當事人的起訴認定還是依法院的實體審查認定。因此，《通知》并沒有最終解決醫療糾紛訴訟的法律適用問題。

    “醫療事故”本身是《條例》中的概念，是不是“醫療事故”只有適用《條例》才能認定，而根據《通知》精神，在認定“醫療事故引起的賠償糾紛”之前是不能適用《條例》的。法院若要通過實質審查來決定是否適用《條例》就會面臨一個矛盾，法院要適用《條例》來決定是否適用《條例》，這是不符合邏輯的，也不符合《通知》精神。看來是否參照適用《條例》，只能從形式上審查，看案件是否屬于“醫療事故引起的賠償糾紛”，也就是以當事人起訴是否以“醫療事故”為由來決定是否參照《條例》。這就意味著，在醫療糾紛訴訟中，當事人特別是原告可以通過是否以“醫療事故”為由來選擇法律的適用。

    從行政與司法矛盾的看，將來較長時期，醫療糾紛處理的法律適用還將是雙軌制，一方面是行政法規，另一方面是基本法律，無論是程序還是實體，都存在兩個系列，有時是一致的，有時是對立的，最終是糊涂的、隨意的，有人從中受益，也有人因此受害，最終是使社會受損。

    樂觀一點看問題，在醫療糾紛的訴訟中，仍將是基本法律主導，這一點是無法從根本上動搖的。至于《條例》，有人“參照”它，也有人排斥它；有人利用它、有人回避它、有人曲解它。但它畢竟是一個進步的現實，畢竟是一個是可以發展的基礎。《條例》毫無疑問會對醫療糾紛訴訟特別是醫療糾紛的協商調解，行政處理帶來重大影響。